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本制品一种来源于大肠杆菌的Mg²⁺依赖的3'→5'核糖核酸外切酶。RNase R能消化线性RNA，但不能消化环状RNA (circRNA)、套索RNA (Lariat RNA)、3’突出末端少于7个核苷酸的双链RNA以及具有复杂二级结构的tRNA、5S RNA等。

RNase R常用于消化除去线性RNA，以获得环状RNA (也称环形RNA)、内含子套索(Intron lariat)等非线性RNA。RNase R为环状RNA的研究提供了极大的便利，也可以给研究RNA剪接(RNA splicing)带来很大的便利。套索RNA是在pre-mRNA的剪接内含子过程中产生的，经RNase R消化，可以从总RNA中被分离出来而用于后续研究。

图1．本制品可以消化线性RNA但不会消化环状RNA的效果图。在20μL反应体系中含20mM Tris-HCl (pH8.0),0.1mM MgCl₂和100mM KCl，以长度为22nt的等摩尔数(4pmol，约0.03μg)的线性或环状RNA作为底物，并加入图中指定量的本制品或国外L公司(竞品)的RNase R。37℃孵育30min，70℃孵育10min终止反应。随后加入4μL 6×DNA Loading Buffer，95℃变性5min，然后取出15μL进行7M Urea 15%聚丙烯酰胺凝胶电泳(室温条件下用0.5×TBE作为电泳液，180V电泳90min，NadRed溶液(1000:1)室温染色10min，拍照观察结果)。如图所示，本制品与国外L公司的产品相比，具有类似的消化效果。图中效果仅供参考，在不同实验条件下获得的效果可能会有所不同，图中效果仅供参考。


环状RNA研究，环状RNA中去除线性RNA，可变剪接研究，内含子套索序列的分析和鉴定等。


由大肠杆菌表达，表达基因为E.coli RNase R基因。


One unit converts 1μg of poly-r(A) into acid-soluble nucleotides in 10minutes at 37℃ in 20mM Tris-HCl (pH8.0),100mM KCl and 0.1mM MgCl₂。

组分	500U	2000U
RNase R(20U/μL)	25μL	100μL
10×RNase R Reaction Buffer	500μL	2mL

保存：-20℃，有效期一年。


50mM Tris-HCl (pH7.5@25℃),200mM NaCl,1mM DTT,0.1mM EDTA,50% (v/v) Glycerol,0.1% (w/v) Triton X-100。


10×RNase R Reaction Buffer：
200mM Tris-HCl (pH8.0@25℃),1M KCl,1mM MgCl₂。


70℃加热10分钟可使RNase R失活。


不含DNase，不含其它RNA内切酶和外切酶活性。


RNase R需要适当的镁离子浓度(0.1～1.0mM)才能发挥活性；反应体系中存在EDTA等可以螯合镁离子的螯合剂时，会显著降低RNase R活性。有必要时，可以考虑额外添加MgCl₂使反应体系中游离的镁离子浓度至少达到0.1mM以上，以确保螯合剂不会螯合镁离子而影响酶活性。

• RNase R的消化反应。
  
  • 参考下表在冰上配制如下反应体系：
    

    成分	20μL体系	50μL体系
    RNA	<5μg	>5μg
    10×RNase R Reaction Buffer	2μL	5μL
    RNase R (20U/μL)	1～3U/μg RNA	1～3U/μg RNA
    DEPC-treated Water	20μL	50μL

    
    
  • 反应条件：37℃反应10～30min，70℃灭活10min。
    
    • RNase R的用量和反应体系的体积需要根据具体情况，通过实验进行摸索调整。
• RNase R消化反应后，反应体系中环状RNA等的纯化回收。
  
  • 苯酚/氯仿提取和乙醇沉淀纯化回收环状RNA等。
    ① 加入Nuclease-free Water将反应体积放大到180μL，再加入20μL 3M醋酸钠(pH5.2)或20μL 5M醋酸铵，充分混匀。加入等体积的苯酚/氯仿混合液(1:1)抽提一次(剧烈Vortex 20-30s，随后12000rpm离心5～10min取上清。
    ② 加入双倍体积的无水乙醇沉淀RNA，在-20℃至少孵育30分钟。随后12000rpm 4℃离心5～10min沉淀RNA。
    暗弃上清，用约500μL预冷的70%乙醇洗涤沉淀，以充分去除盐分。
    ④ 用DEPC-treated Water (货号：YT528)重悬并溶解RNA，在-80℃储存。
    
  • 使用RNA纯化柱或RNA纯化磁珠进行纯化回收。经过RNase R消化后的产物可以在70℃孵育10min使酶失活后，通常无须进行纯化，就可以直接进行反转录，用于后续的RT-PCR、qPCR等。

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